P99手枪采用双排单进的大容量弹匣供弹，弹匣由厚0．8毫米的钢板制成，底座为塑料板，弹匣上有观察孔，以便射手能看到余弹数量。套筒截面呈梯形，外形与P5手枪相似。．P99的枪管为冷锻生产，内有6条右旋膛线，有“特尼氟”涂层。此外，其他所有的金属部件也都涂有一层“特尼氟”。9×19毫米半自动手枪在枪口有螺纹的枪管，换上这些枪管的P99就能安装螺栓式的消声器。