在离开与那国之后，我们一行人搭机前往琉球，与琉球大学木村地质学教授会面，是他声称这座纪念碑是人为的作品。他的论点植基于强有力的实证，以地图和照片向修奇教授详加解说他抱持的理由。例如：
1如果只有地心引力和大自然的力量，则在纪念碑形成时期，为什么这些石块并没有掉在原本应该落下的地方，反而像是被一群人刻意搬到另外一边，在原来一些落点竟然未见石块的踪影。
2在纪念碑几小块区域，可轻易发现外形呈现对比的构造安排在一起，例如周围边缘突起和2公尺深的圆洞；切割利落的长方形石块及笔直狭窄的沟渠。如果只有靠大自然力量运作，则每个构造应该同样位在纪念碑某处，而且在同样石块上单独存在。发现形态对比的构造安排在一起，是证明这是人造建筑物的强力证据。
3在结构体上面有几处区域，其坡度陡斜向南方。木村指出形式对称的沟渠则位在这些区域北边，只靠自然力是不可能做出这些南北相对的构造。
4纪念碑南面的基底海深27公尺处，向上筑起许多层阶梯，通往距离海面不到六公尺的顶端。在纪念碑的北面也有类似的楼梯。
5一面高耸的墙壁环绕在纪念碑的西面，由石灰石的石块组成，显然不是与那国区域的固着物，所以难以将它解释为天然物。
6似乎是作为祭典必经的通道环绕在纪念碑的西面与南面。
修奇在与木村会面后指出：“我不能完全忽略与那国纪念碑或为人类修建的可能，在我第一次短暂探访时并未观察到木村教授所指出的例证，如果我有机会再探访与那国纪念碑，则会希望探讨这些关键性的区域。”
从表面上来看，令人难以置信，这几位重量级的科学家第一次研究纪念碑的时候，不能立即确定这是自然成形的岩石或是人类切割而成的建筑物。但修奇向我们提及，类似的争议和不确定性以前也发生过。例如，维多利亚时代的地理学家于19世纪挖掘出石器时代的斧头、箭头和打火石刀，起初多数人都以为这些东西完全是天然成形的。后来花了几十年的时间，学者才一致公认这些是史前人类制作与使用的工具。
与那国海底纪念碑同样面临“认定”的问题，这可能会令学术界困扰多时，只是这次牵涉到未知的建筑史，而非未知的工具制作史。基于这个理由，凡是研究纪念碑的科学家应该详加考虑已知和观察到的各项特点。