损益审计是对企业利润和利润分配的合法性、真实性及正确性的审查，以保证企业利润形成和利润分配正确，从而为企业正确处理国家、企业和投资者三者之间的关系提供保障。
损益审计的内容包括营运收入审计、营运成本审计、营业税金及附加审计、期间费用审计、投资净收益审计、营业外收支审计以及利润分配审计。
交通企业与工业企业相比较，在投资净收益、利润分配方面的内容组成和规章制度的要求相同。对营运成本、期间费用的审计，本章第二节已详述，此节从略。本节着重阐述营运收入审计、营业税金及附加审计、营业外收支审计的内容。
营运收入审计营运收入是指企业从事运输、装卸和其他业务等营运生产活动所取得的收入。营运收入按企业划分，有运输收入、港口收入、外轮代理收入等；按经营业务划分，有运输收入、装卸收入、堆存收入、港务收入、代理收入和其他业务收入等。
运输收入是指企业从事公路、水路客货运输业务所取得的收入。
港口收入是指港口企业从事装卸、堆存业务及港务管理活动所取得的收入。
外轮代理收入指外轮代理企业从事外轮代理业务所取得的收入。
其他业务收入是指企业从事旅客服务，船舶、车辆、仓库等固定资产出租，港口过驳，集装箱服务，材料销售，旅游业务等主营业务以外的活动所取得的收入。对于船舶运输企业，还应当包括外派劳务收入和修船拆件收入；对于港口企业，还应当包括速遣费收入。
1.主营业务收入审计主营业务收入，就是指运输企业的运输收入，港口企业的装卸、堆存业务收入及港务管理收入，外轮代理企业的外轮代理业务收入。审查主营业务收入的内容如下：（1）营运票据管理制度审计。
①票据印刷、登记、领发和交接手续是否健全，有无专人负责，帐实是否相符，票据储存和保管是否安全。
②各营运站点、营运车辆（船舶）对客票、代用票和各种定额票据、非定额票据，有无专人管理，是否按号码顺序使用或用金额建帐控制使用。各使用单位是否及时向财务部门提供使用清单和由财务部门销号。
③对客货运票据是否经常有重点地检查，是否存在伪造票据。
④各种货运票据和杂费收据是否按号顺序使用，填写项目是否清楚；对国外结算票据，如有错，是否作废另行填写。
⑤对于收取现金的票据是否有涂改现象，作废票据是否随同报表报上。
⑥票据销毁制度是否健全。
（2）主营业务收入确认的审计。
营业收入的实现，以权责发生制为基础。《企业财务通则》和《运输企业财务制度》对收入实现的确认有明确规定。收入确认的审计，应主要审查：企业是否在“劳务已经提供，产品已经发出，同时收讫价款或者取得收取价款的凭证”
时，确认营运收入的实现。
根据交通运输企业生产经营特点，对运输、港口企业而言，取得收取价款凭证的含义应进一步延伸。审查时应注意，收取价款的凭证不但包括付款人和银行开出的票据，还应包括企业完成提供劳务后取得的付款人签字的帐单、货商部门编制的帐单和远洋运输企业期末已完航次未达收入所编制的帐单。
（3）主营业务收入真实性审查。
主要审查已经实现、属于当期的营运收入是否全部计入当期的有关收入帐户。
审查时应注意，有无将实现的收入转入其他帐户，或应作为营业收入处理而不通过有关收入帐户核算的情况，以及是否将规定在运输收入中核算的旅客保险收入纳入营业外收入核算。如：企业在完成全年营运收入计划后，有无将超计划部分的营运收入隐瞒挂在往来帐户，或转移到下一年度的情况。
（4）营运收入稽核制度的审计。
①有无现场收入检查制度；②对私拉票款、私吞运费现象有无严格的检查堵漏错施；③对汽车运输的缴销票据的票根是否进行复核。主要复核是否按运价费率计费；对货运票据的存根是否与行车路单相核对。对水运企业缴销票据的票根是否进行复核，主要核对定额和非定额客票与存根和报帐联是否一致；货运票据的有关项目及运费的计算、汇总是否进行有效稽核。
④取得的营运收入是否及时上交财会部门，有无隐瞒、坐支和挪用现象，应交金额与上交数额是否相符；财会部门收入核算是否经过稽核，收入帐证是否一致。
⑤营运日报表与联运及代理单位往来帐户有无复核，并检查是否及时清算。
2.其他业务收入审计其他业务收入是指企业从事主营业务以外的活动取得的收入。审查其他业务收入的要点包括：（1）审查从事旅客服务的收入。主要审查有关内部管理制度是否健全，取得收入是否足额上交，并正确核算。
（2）审查固定资产出祖收入。审查时要注意船舶出租收入的核算方法。
船舶出租收入应按出租方式的不同分别处理，根据收入、成本和相应的运输周转量成配比的原则，只有船舶光租方式取得的收入作为其他业务收入，而期租和程租方式的收入计入运输收入（主营业务收入）。对于其他固定资产出租收入的审查，要审计出租合同的条款是否合理、合法，出租收入的记录和计算是否正确；固定资产出租手续是否健全；到期的出租固定资产是否及时收回或办理续租合同。
（3）审查港口过驳、集装箱服务的收入。主要审查劳务协议的合理合法性，收入的计算是否正确。
（4）审查材料销售收入。
①材料销售的原因是否正当，有无违法行为。
②材料销售收入的计算是否正确，入帐是否及时，有无把材料销售收入私设“小金库”的问题。
③材料销售的成本、费用和税金计算是否正确。
④材料销售的帐务记录是否完整，销售数量是否记载无误。
⑤材料销售的手续是否健全，出库单、销售合同、销售发票是否齐备。
（5）审查旅游业务收入。主要审查有关旅游业务的票据是否合法，收入与票据金额是否一致，有无少计、漏计现象，收入计算是否正确，收入核算是否符合有关规定，是否按章纳税等。
（6）审查速遣费收入。审查是否存在漏计、少计速遣费收入，或者未计收入前支用的现象，是否按规定纳税。
（7）审查外派劳务收入。审查外派劳务的协议是否合理合法，有关支出项目是否符合规定，是否按规定交纳税金。
（8）审查修船拆件收入。审查修船收入的取得，计算、核算是否符合有关规定。
营业税金及附加审计企业取得的主营业务收入和其他业务收入均应按规定缴纳税金和附加费。营业税金及附加包括营业税、产品税、增殖税、城市维护建设税和教育费附加。审查营业税金及附加，包括以下几方面：（1）审查计税依据是否正确。
交通运输企业主要按照营运收入计征营业税，并以此计征城市维护建设税和教育费附加。
（2）审查适用税率是否正确。
（3）审查营业税金及附加的计算是否正确。
（4）审查有无减免税和退税的情况，企业收到退回的税金是否作为减少营业税金处理。
（5）审查营业税金及附加的解缴情况，是否及时足额上交，有无拖欠、少交、漏交或偷税现象。
营业外收支审计营业外收支是指与企业营运无直接关系的各项收入和支出。
营业外收入包括固定资产盘盈和出售净收益、罚款收入、因债权人原因确实无法支付的应付款项、教育附加费返还款。
营业外支出包括固定资产盘亏、报废、毁损和出售的净损失，非季节性和非修理期间的停工损失，职工子弟学校经费和技工学校经费，非常损失，公益救济性捐赠，赔偿金、违约金，公安、法院、检察院经费等。
1.营业外收入的审计要点（1）有无将不属于营业外收入的某些收入，如主营业务收入、其他业务收入等计入营业外收入，以达到少纳营业税金的目的。
（2）有无将应属于营业外收入的项目不列入营业外收入，如将罚款收入挂帐，将固定资产盘盈直接列增加资产处理。
（3）固定资产处理的收入是否全部、及时入帐，净收益的计算是否正确。
2.营业外支出的审查要点（1）有无任意扩大营业外开支范围的情况。如处理固定资产净损失中除清理费用和残值的变价收入外，是否还有其他不应计入的费用或收入；非常损失中是否列支不属于因自然灾害等不可抗拒力原因的其他损失等。
（2）是否有任意增设营业外支出项目。按规定，企业不能任意增设营业外支出项目。因此，审查时应注意是否有属成本性质的费用列入。
3.审查营业外收支时要注意新会计制度对营业外收支的项目调整（1）代征车购费手续费和代收港口建设费以及即将开征的船舶购置附加费的手续费可继续列入营业外收入。
（2）旅客保险费收入列入运输收入。但要注意，该部分收入转入运输收入后，在计征有关费用时（如养路费），应合理予以扣除。
（3）逾期包装物押金没收收入列入其他业务收入或销售收入。
（4）修船拆件收入列入其他业务收入或销售收入。
（5）外派船员净收入列入其他业务收入。
（6）收回调入职工欠款和其他费用，根据情况自然予以取消。
（7）企业搬迁费实际发生时，仍可列营业外支出。
（8）劳动保险费转列管理费用。
（9）编外人员生活费，此项目自然消失。
（10）职工安置回乡下乡落户补助费，一般无此项目发生；个别特殊原因，仍由劳动保险费中的易地安家补助费解决。
（11）新产品试制失败损失，按规定处理办法，改列管理费用中的技术开发费列支。
（12）治理“三废”支出，属资本性支出，不应列入营业外支出。
（13）转出调出职工欠款，根据情况变化自然取消。
（14）落实政策补发工资和生活困难补助费，前者己基本解决，后者应转入福利费开支。
（15）交纳合同制职工的退休养老金，应转入管理费用中的劳动保险费列支。
（16）库存物资调价净损失，建立资本金制度后，库存物资调价与否，均按实际购建成本直接体现损益。原规定为库存物资调价不足冲减国家流动资金部分不再计入营业外支出。
（17）船舶护航武器弹药购置费，应转入运输支出或船舶共同费用。
（18）防疫经费、为港口设立的专门防疫机构经费，转入管理费用。