食疗的注意事项涉及到组方、宜忌、制作、服用四个方面。
一是做到严密组方，组方的原则仍不外乎君、臣、佐、使。但在使用成方时必须严格选择好药、食物的有效部分，即药、食物的质量问题，要做到选料精良，如枸杞，以宁夏产为佳，当归以秦归为上，切忌霉烂变质者入内。再是组方时应该遵循方中所规定的剂量。不能随心所欲，随意加减，以免影响主、次原料的效应问题，同时，对成方的应用，也不要拘泥过死，可在医师和膳食厨师的指导下，根据年龄、季节、性别差异，适度调整剂量或药、食物的结构。
二是注重药食宜忌。《内经》提出：“五味入于口也，各有所走，各有所病。”同时认为：“酸走筋，多食之令人癃；咸走血，多食之令人渴；辛走气，多食之令人洞心；苦走骨，多食之令人变呕；甘走肉。多食之令人愧心。”这是告诉人们，任何食物，“少则宜，多则忌”，因此食疗之宜忌，第一问题是注意适量，不可凭嗜好而过偏。其二，《金匮要略》在果实菜谷禁忌并治第二十五中指出：“木耳赤色，及仰生者勿食。菌仰卷及赤色者不可食”，“麋脂及梅李子，若妊娠食之，令子青盲，男子伤精”。“鱼无肠胆者，不可食之。三年阴不起，好绝生”。孙思邈在“食洽”中的十大要点中就有“禁忌”一类。孙氏提出：“不知食宜者不足以生存”。其三是以药物为主的食疗方，要注意五味之宜忌，如“心病忌咸，肝病忌辛，脾病忌酸，肺病忌苦，肾病忌甘”。再是注重食疗宜忌的规律性，如寒者应引以温热，忌食蟹、蚌、西瓜积冷提阳的食物，热者引以咸寒，忌食辣椒、姜、蒜等温燥伤阴的食物，温者引入清凉，凉者引以温热；水肿病人要忌食盐，失眠病人要忌浓茶，糖尿病人要忌糖食；服食含有地黄、何首乌的食疗方忌萝卜，服食土茯苓的食疗方忌食茶和蜂蜜等；还有药物之间的相互禁忌，如早已界定的“十八反”与“十九畏”原则上是要遵循的。
三是力求精工制作。食疗方的制作是最后一道环节，从现在剂型来看，主要是两大类，即成品食疗类和烹煮食疗类，按照现代的要求，成品食疗即特殊食品。必须达到“绿色食品”的要求，做到按量核方，认真选料，遵法炮制，严格把关。必须杜绝偷工减料，以乙代甲，以伪代真，以劣代优。只有这样才能使食疗这一特殊食品达到预定的目的。再是药膳餐馆和家庭膳食在制作中都要严格操作程序，该炒则炒，该爆则爆，该用鲜品就用鲜品，该用文火就文火，武火就武火，调味品必须按要求到位，做好色、香、味、形四字文章。同时，杜绝有毒食物的副作用。
四是慎防走入误区。食疗已日趋大众化，人们对优化饮食质量的要求越来越强烈，但任何事物都是统一对立的矛盾体，也就是物极必反。在食疗进入寻常百姓家的今天，务必使人们清楚地认识到任何好吃的东西，不是越多越好，而是适可而止，提醒人们不要走入误区。现就人们容易引起的误区作一提示：蔬菜无论是新鲜的，还是冷藏的，只要保存好，无腐烂，那么营养价值相等，不一定强调吃新鲜的；水果含有较高糖分，特别是香蕉和苹果，通常人每天吃适量的水果，有益于帮助消化，增加碳水化合物，但多吃水果并不能帮助减肥；含纤维素的食物要不间断地摄入，但过量地吃，可导致孕妇和贫血患者加重贫血；维生素是人体不可缺乏的养料，适量的摄入可使人保持旺盛的精力，但过量服食，则会导致相反效应；有人认为吃糖不利于健康，实际上除糖尿病人要控制，小孩多食糖可以导致蛀牙，适量的摄入糖并不会妨碍健康；喝适量咖啡，不会导致什么弊病，经常喝咖啡的人，会促进体内新陈代谢；食盐是饮食中一日三餐不可缺少的，有人认为盐是人们生活中的大敌，实际上除高血压外，有意识地限制盐分的摄入是不可取的；钙是人体必需的成分，缺钙可导致骨质疏松，长期缺乏体育锻炼、酗酒成性和抽烟过多也会对骨质造成影响与危害，因此，人们不要盲目地过多地补充钙；对于胆固醇食物不要害怕它，虽然体内过多的胆固醇对血管和心脏有一定影响。但人们不要因此而拒绝胆固醇食物的摄入；中医认为补品可以“扶正祛邪”，但一旦患感冒后，切不可滋补。特别是高热病人。补品可以加快细菌繁殖，加重病情。