就在弗吉尼亚殖民地建立的同时，英国人在北方新英格兰地区的殖民活动也陆续展开。早在1606年夏，与弗吉尼亚公司同时成立的普利茅斯公司就曾根据国王的特许状，派出一个探险队前往北美。1607年他们来到今缅因州境内的萨加达霍河口（Sagadahoc）并建立了殖民据点，但是一年后由于该地冬季严寒，特别是由于经费问题以及与当地印第安人的冲突，大多数移民最后渡海回国，英国人在新英格兰建立殖民地的努力宣告失败。[115]1614年，约翰·史密斯探险来到这一地区，并将此地命名为“新英格兰”。然而，直到1620年，因一批英国清教徒来到这里，才在这里建立起永久的殖民地。如果说弗吉尼亚的第一代移民是抱着追求财富的目的来到新大陆，那么建立新英格兰的始祖们则更多地是为了寻找宗教理想的新天地。这使得新英格兰这块被认为是“贫穷、寒冷和无用”的地方[116]，最终成为英国的“清教殖民地”。
北美清教殖民地的建立与英国国内宗教矛盾的发展直接相关。17世纪初，英国社会转型加速进行，各种矛盾十分尖锐，宗教斗争日益发展。亨利八世的宗教改革一方面使天主教在英国处于弱势地位，为了免受排挤和打击，许多天主教徒选择离开；另一方面，英国国教会内部发生分裂，出现了清教及清教运动。清教中的激进派别即分离派极力主张脱离国教会，建立独立的教会团体，由地方行政当局控制宗教事务，并为此进行了坚决的斗争。结果，清教运动受到压制，清教徒遭遇迫害。1604年，詹姆士一世主持召开了包括圣公会和清教徒参加的汉普顿王宫会议（Hampton Court Conference），针对清教徒提出的改革主张，詹姆士一世态度坚决。在詹姆士一世看来，国教的基本内容不容讨论，必须坚持一种教义，一种戒律和一种宗教仪式。汉普顿王宫会议后不久，詹姆士国王批准了《教规法典》，要求所有获得神职、圣俸或得到许可证的教士必须宣誓服从《至尊法》和《公祷书》，有300名清教徒因未宣誓而被革除教职并失去了俸禄。如此宗教政策使大批清教徒对国家丧失信心，正如清教牧师托马斯·胡克（Thomas Hooker）所表达的：“我们在这里已没有安身立足之地，我们要离开英国前往其它地方传播基督福音。”[117]于是，一批来自诺丁汉郡斯克罗比（Scrooby）的分离派清教徒于1607年离开祖国，前往荷兰，并定居于荷兰的莱顿，以寻求宗教自由。他们选择荷兰的原因在于“荷兰人一直在为人民的自由和心灵的自由而战，并愿意为一切世人提供这种自由”。尤为重要的是“在荷兰，每个公民的信仰自由都能得到保障，任何人在宗教信仰问题上都不得侵扰和质疑他人”[118]。然而，在长达十年的流亡生活之后，他们发现莱顿并非他们的理想之地，艰难的生活、不良环境对子女的影响、荷兰与西班牙爆发战争的危险等，都使这些清教徒对自己的前途和宗教责任深感忧虑。清教领袖之一的布拉福德真实地描述了他们当时的处境：“他们在艰苦的环境里如同被流放一般生活着，而且更大的不幸可能即将来临，西班牙和荷兰的‘12年休战期’结束了，除了备战的鼓声听不到其他的声音。西班牙人或许将要以实际行动证明自己和美洲的野蛮人一样残酷。”[119]此时英国人在北美的殖民活动及相关信息促使这些清教徒将目光投向了北美，在他们看来，广阔的北美荒原更适宜建立真正的神圣社会。于是，1616年冬，他们决定向北美迁移，以寻找信仰自由。他们希望在弗吉尼亚公司管辖的地区建立自治团体，以实现宗教理想。
然而，从荷兰前往遥远陌生的北美去开辟新的天地并非易事，必须具备一定的条件并做好充分的准备，首先需要解决的是合法性问题，这批清教徒希望得到英国国王的支持。于是，他们派代表来到伦敦，与弗吉尼亚公司董事会成员之一的埃德温·桑蒂斯爵士进行磋商，后者支持他们在弗吉尼亚公司授权地的最北端建立定居点。最后，英王特许他们前往弗吉尼亚公司的美洲属地，并称他们在美洲捕鱼“是正经的行业，是使徒们的召唤”。[120]
接着，他们面临的是前往北美的路费问题。这些清教徒大多是下层劳动者，家境贫困，难以负担昂贵的越洋路费。在17世纪早期，越过大西洋的航行费用大约是每人9—10镑，这一数字高于一个普通英国人一年的收入。结果他们得到了伦敦商人与冒险家托马斯·韦斯顿（Thomas Weston）的资助，根据双方达成的协议，韦斯顿为清教徒提供租船、补给和运送的费用，而移民则需为韦斯顿等人工作7年，主要从事皮毛贸易、渔猎、伐木及其它劳动，所得利润归韦斯顿等人所有。按照协议，清教徒在弗吉尼亚以北的新地点（即今纽约）建立居民点，并申请建立新英格兰殖民地。
国王的特许及经费的解决使这些清教徒的信心大增，经过紧张的筹备，1620年8月，他们分别乘坐“五月花号”（Mayflower）和“快安号”（Speedwell）从英国的南安普敦港出发。不幸这两艘船出发不久，都因为船舱漏水而折回英国。结果“快安号”无法修复而取消美洲之行，只有“五月花号”载运102名乘客于1620年9月，从英国的普利茅斯港出发，向北美洲的弗吉尼亚进发。乘客中包括一些家庭，其中包括41名被称为“圣徒”的男清教徒，以及被称为“教外人”的一些试图去寻找生活出路和开创一番新事业的非清教徒。整个航程异常艰难，在经历了狂风巨浪的近两个月航行之后，船只在11月抵达北美马萨诸塞海湾东岸北端的科德角（Cape Cod），而不是原定目的地弗吉尼亚。一部分人在此登岸，另有16人乘小船沿马萨诸塞湾海岸继续航行。12月中旬，他们在马萨诸塞湾西岸中北部登陆。[121]几天后，“五月花号”也抵达这里，登陆后他们决定在这里定居并开辟殖民地。为了纪念他们出国时的港口，移民们把这里命名为普利茅斯（New Plymouth）。
同弗吉尼亚一样，普利茅斯殖民地的创建也历经磨难。关于这一点，布拉福德在其《普利茅斯开拓史》中这样写道：“他们跨越了辽阔的大海，还克服了之前准备工作期间遭遇的无穷磨难，到现在既没有朋友来欢迎，也没有旅店可以休息，让憔悴的身心重新振作，更不要说有可居住的房屋、城镇来让他们恢复元气。……此时正值冬天，经历过当地冬季的人都知道，那天气是何等的严寒刺骨，经常会遭遇暴风雪，就是去熟悉的地方都很危险，更别说在陌生的海岸摸索前进了。再有，除了一片杳无人烟的荒野及游**其中的野兽、野人，他们什么也看不到。”[122]起初，极端恶劣的自然条件与生存环境对移民的生命构成了巨大威胁，“五月花号”登陆后的那年冬天，第一批移民就有一半人丧生，幸存者得到印第安人之助才得以生存。随“五月花号”来到普利茅斯的18名已婚妇女因生产和疾病，幸存者仅4人。[123]但是，他们忍受住了各种艰苦，因为他们是为了信仰自由而来，他们“感激上帝带他们越过那惊涛骇浪的万顷海域，把他们从一切危险和苦难中拯救出来，使他们的双脚得以再次踏上这坚实稳固的大地上，回到他们的正常生活环境中”。[124]
正是这种坚定的宗教信仰构成了这些朝圣者立足异域的精神动力，并促使他们决定依靠自己的力量和自己的方式在美洲建立一个属于自己的家园。清教徒移民北美，既不是出于经济原因，也不是出于冒险精神，完全是为了争取宗教自由。因此普利茅斯初期的殖民史与弗吉尼亚殖民地完全不同。清教徒们一开始就准备在这里从事农耕畜牧和渔业，所以，他们在第二年春天就开始垦殖，1621年，移民们在印第安人的帮助下种植玉米喜获丰收。不久，他们又与当地的土著人签订了同盟条约，并获得了与印第安人进行贸易的独占权。他们在这里度过难关并站稳了脚跟，普利茅斯也作为一个农业殖民地终于存活下来，并成为新英格兰地区殖民地发展的榜样。为了调动居民的生产积极性并吸引更多的移民前往，布拉福德等人决定进行土地改革，实施土地无偿私有化。起初，清教徒们采取的是土地共耕的方式，开垦的土地归公司所有，劳动成果共同分享，平均分配。为了提高移民的生产积极性，1624年改变这一做法，每位成年男子被授予1英亩私人永久耕地。1627年，移民们一方面以债务的方式从英国投资者手里购买了与殖民地有关的财产及权益；另一方面将殖民地的土地以每份20英亩分给一家一户进行耕作，等到债款偿清，每家就获得这些土地的世袭产权，成为自由业主，土地私有化进程由此开始。1648年时，普利茅斯偿清了最后400英镑的债务，完全摆脱了对英国投资商的一切义务。
这些被称为“移民始祖”（The Pilgrimage Fathers）的人们来到北美并没有得到英王的正式特许状，只是与伦敦弗吉尼亚公司签订了严格、详细的经济合约。他们即将登陆的地方不在任何政府管辖范围之内，且“五月花号”的乘客中清教徒只占1/4，大多数人仍然是出于发财的目的而前往北美的。因此为了在一片未知的荒原上生存下来并实现神圣的宗教理想，就需要达成某种协议并组建成有效的集体。在“五月花号”靠岸科德角之前，以威廉·布拉福德为首的清教徒在船舱里开会，制订出一个有关建立殖民地、并在其内部实行团结与权威的方案。他们以先前在英国教堂里采用的社会契约为样本，建立某种“民间团体政治”，设计一种“为了殖民地总体利益必须实行的公平之法，以及相关的法规、条令、宪章与公职”。这就是著名的《五月花号公约》（Mayflower Compact），要求船上的41名成年男子宣誓遵守。《五月花号公约》称：“蒙上帝的恩典，为了上帝的荣耀并促进基督信仰及国王与国家的荣誉，远航至弗吉尼亚北部地区开辟首个殖民地。根据本公约一同在上帝面前庄严盟誓，彼此联合，共同组成公民政治体，为了保持良好秩序及推动实现前述的目标，需不时制定、颁布法案或拟定公正、公平的法律、法规、法令、宪法框架及设立管理机构，并对殖民地普遍适用，我们承诺将完全服从并遵守。”[125]此公约寥寥数言，只是当时定居者为了生存而达成的简单和原则性的契约，并未具体规定政府的形式和公民的权利，但是它的重要意义却是显而易见的。该公约将建立新的上帝之城与建立北美殖民地加以结合，既体现了清教徒的神学观和圣约观念，又勾画了一幅社会实践的蓝图。普利茅斯并未得到如同弗吉尼亚那样的特许状，因而，该公约实际上起着一个特许状的作用，成为普利茅斯殖民地的根本法规。其原则既是普利茅斯殖民地政府行使管理权的基础，也是新英格兰殖民地共同模式的基础。[126]更重要的是，它是一部开创性的契约式宪章，其签订方式和内容完全否定了君权神授学说，为以后美国民主政治的建立奠定了思想基础。
在普利茅斯定居下来之后，移民们便按照《五月花号公约》的内容进行社会治理。起初，他们推选约翰·卡弗（John Carver）为总督。1621年卡弗去世后，威廉·布拉福德经过选举长期担任总督。为了便于管理，殖民地成立了全体居民参加的市镇大会，由市镇大会选举具体负责市镇公共事务的总督和总督助理。与弗吉尼亚殖民地相比，普利茅斯的清教徒受过严格的清教训练，所以公私生活秩序井然。1636年通过的《统一基本法》具体规定了殖民地的政治结构与自由民的权利。虽然殖民地的发展十分缓慢，移民人口增长不快，但却十分稳固。20年后，普利茅斯不仅移民人口增加，而且殖民地范围越来越大，新的市镇不断建立，居民点之间的距离愈来愈远。此时再召开由全民参加的市镇大会已不可能，于是普利茅斯在1639年实行了代表制度，市镇大会改由自由民选派代表出席，代议制遂成为基本的政治制度。
由于缺乏资金以及并不出产可向英国大量销售的主要产品，普利茅斯殖民地发展非常缓慢。直到1691年时，该殖民地只有7 000名居民。所以，有人认为它的“历史名声超过它的现实重要性”，并很快被马萨诸塞湾殖民地覆盖。[127]不过它对英国日后的宗教移民产生了极大的示范作用，这却是不容忽视的。正如西蒙斯所说：“移民始祖抵达普利茅斯可以被看成是英国殖民地史上的一个转折点，因为它标志着宗教上心怀不满的人自愿迁往美洲的一场运动的开端，这场运动在17世纪20年代和30年代晚期就将猛涨成一股洪流。”[128]其直接的昭示作用就是马萨诸塞（Massachusett）殖民地的建立。
马萨诸塞殖民地同样与英国政府的宗教政策有关。17世纪初，面对詹姆士一世的宗教压制，一些激进的清教徒选择了远走他乡；另一些包括公理会（Congregational Church ）和长老会（Presbyterian）在内的清教徒则留在英国，他们试图继续抗争，希望从内部改变英国教会。然而，1625年查理一世即位后，英国的政治和宗教形势变得更加严峻，国王决心加强王权并镇压宗教异端。查理一世的宗教政策特别是在威廉·劳德（William Laud）出任坎特伯雷大主教之后使清教徒很难在国内立足，在国王的支持下，劳德一方面加强国教的宗教仪式，使英国教会在礼仪、法衣、教义等方面日益向罗马天主教靠拢，并剥夺清教徒的牧师讲坛；另一方面又将清教徒视为“黄蜂”和“政府最危险的敌人”，动用星室法庭（Court of Star Chamber）和高等法庭（Superior Court）对其大肆迫害。查理一世还把宗教迫害延伸到苏格兰。这些都使得英国清教徒对英国的改革深感失望，由于担心被监禁，他们将目光转向了美洲，希望在远离当局迫害的地方继续推行宗教和社会改革。这些清教徒大多来自商人、牧师和乡绅阶层，他们的家境较好且大都受过一定程度的教育，许多人在英国具有较高的政治地位，在议会中有一定的能量。在詹姆士一世统治时期，清教徒在议会中占3/4，[129]这为他们前往美洲提供了良好的条件。
早在17世纪20年代初，英国多切斯特公司（Dorchester Company）的商人就希望在新英格兰建立永久性的渔村。不久，得到多切斯特商人支持的罗杰·科南特（Roger Conant）率领少数移民在萨勒姆（Salem）建立了定居点。1628年，部分公理会清教徒为前往北美而在伦敦成立了新英格兰公司（New England Company），该公司从新英格兰理事会（新英格兰理事会由普利茅斯公司1620年改组而成）获得了美洲从梅里马克河（Merrimac River）到查尔斯河（Charles River）之间的土地殖民权。新英格兰公司约有90人，包括英国西南地区、伦敦东部的清教徒以及伦敦的商人们。1629年，以新英格兰公司为基础建立了马萨诸塞湾公司（Masschustts Bay Company），并获得国王颁发的特许状。根据查理一世颁发的特许状，马萨诸塞湾公司在美洲北纬40—48度之间拥有殖民特权，在“不违背英国法律”的前提下，公司对在此区域内所建的定居地享有统治与管理权。为了行使上述权力，公司可以设立与定居地及其居民相适合的“政府和官职”。根据特许状，殖民地设置总督和副总督各一名以及由18名助理组成的参事会；公司董事会（助理大会）由总督、副总督和助理组成，负责管理殖民地的日常事务；公司应每年召开四次名为“普通大法庭”（Great and General Court）的全体大会，大会由全体股东参加。股东大会在“不违背英国法律”的前提下，有权制定“一切健全合理的”法律法规，任命政府官员、授予和分配土地等。[130]与弗吉尼亚殖民地特许状相比，该特许状具有更强的稳定性，也使管理者获得了很大的权力，该特许状直到1684年才被英王撤销。1629年夏，公司通过改组，形成了殖民地的管理方式，任命约翰·恩迪科特（John Endicott）为总督，前往殖民地，而殖民地事务则由设在伦敦的公司进行遥控。随后，在恩迪科特总督的带领下，公司接管了英国人先前建立的殖民据点萨勒姆，并开始向那里移民。恩迪科特在那里建立了名为“伦敦新英格兰马萨诸塞湾拓殖地总督和参事会”（The Governor and Council of London ' s Plantation in Massachusetts Bay，in New England）的殖民地政府。1629年夏末，该殖民据点已有约300名英国移民。[131]
根据国王颁发的特许状，马萨诸塞湾公司取得了建立和管理殖民地的权力，但特许状并未明确规定公司总部的所在地。从1629年3月到1630年6月间，马萨诸塞湾公司沿用弗吉尼亚公司的治理方式，由公司委派总督管理殖民地事务，另由13人组成参事会协助管理。殖民地官吏同公司一样任期一年。殖民地居民多为公司招募而来的合同雇工，他们由公司支付前往美洲的路费，为公司服务一年后，留下者将分到一块土地。他们不是股东，因而在公司内完全接受公司指派的官吏的领导。移民在总督管制下集体劳动，劳动所得统一交公。这种公有式的管理方式对殖民地的发展非常不利，因为对移民而言他们缺乏生产积极性，对公司而言公司对殖民地官吏很难形成有效制约，殖民地官吏贪污腐败的现象时有发生，从而损害公司的利益。再加上当时英国国内的政治环境对清教徒越来越不利，清教徒的处境日益艰难。鉴于这种情况，公司的清教领袖秘密策划将特许状、公司管理机构及公司成员全部从英国迁往新英格兰，以实现所谓“特许状转移”。1629年8月26日，清教徒绅士约翰·温思罗普和其他11位有影响的东部圣公会清教徒共同在英国的剑桥签订了《剑桥协议》（Cambridge Agreement）。按照协议，他们承诺在获得公司的特许状及殖民地的行政管理权的前提下，一同前往马萨诸塞湾公司在新英格兰的殖民地。那些对美洲不感兴趣的股东可以将其股权出售给愿去美洲的清教徒，新定居地的权力应掌握在殖民地人民手中。[132]
1630年4月，公司新任总管温思罗普率领第一批近千名男女移民，携带着马萨诸塞湾公司的特许状从英国出发，越过大西洋并在6月抵达萨勒姆，完成了公司从英国向北美的转移。这一转移的完成，使公司的特许状变为殖民地的特许状，公司与殖民地合二为一，殖民地实际上获得了相对于英国的自主权。同时，这一转移也拉开了持续到1642年的清教徒北美“大迁徙”的序幕。随后的十年间每年都有超过1000的英国移民前往马萨诸塞。[133]这些清教徒大多是以家庭或邻里、教区互携的方式移民到马萨诸塞的，他们在这里相继建立了波士顿、沃尔切斯特、罗克斯伯里、诺特敦和坎布里奇、查尔斯等居民点，逐渐形成了多个自给自足的村镇。1647年，马萨诸塞的村镇已发展到33个。到1640年，马萨诸塞已有3万人居住，超过了切萨皮克湾。波士顿的人口在30年内就增长到了原来的3倍。[134]
马萨诸塞殖民地在初创期也遭到严峻的生存考验。第一批移民中就有200多人死亡，另有100人因气候不适或患疾病而不得不返回英国。但是，坚定的宗教信仰和严格有力的殖民地管理使得马萨诸塞殖民地的发展比其它殖民地更为稳定和顺利。随着特许状和公司总部的迁移，英国政府对殖民地的控制被严重削弱，马萨诸塞殖民地拥有了相对独立的地位和自主权。根据特许状并结合英国传统，殖民地建立了自己的统治机构并朝着自治的方向发展。公司到达殖民地后，温思罗普便取代前殖民地总督约翰·迪恩科特，成为殖民地新总督，行使殖民地管理权，公司副总管托马斯·达德利（Thomas Dudley）代行副总督之职，殖民地的原行政机关也被公司的领导机构取代。虽然特许状明确规定由全体股东即自由民组成的“全体大会”全权处理殖民地的各项事务，但是实际上助理大会取代了“全体大会”，成为殖民地的最高权力机关。1630年8月，第一次助理大会在新英格兰查尔斯敦举行，参加者只有总督、副总督和6名助理，拥有立法、行政和司法大权。9月，助理大会决定将殖民地政府驻地由萨勒姆迁到波士顿。同年10月，第一次股东大会即全体大会在波士顿召开，参加会议的股东与助理大会的成员就是同一批人。会议决定，只有“自由人”才有权选举助理，助理们再在他们自己中选出总督和副总督，由总督、副总督、助理组成的助理大会制定法律、任命官员。[135]股东大会与助理大会的合二为一，改变了原殖民地的政治结构，使殖民地政府成为寡头制政府，公司机构也完全转变成殖民政府。殖民地领导集团这种做法的目的在于：“建立一个他们自己的国家，这个国家将不受英国国王和议会的……控制。”[136]
清教徒领袖们的这种制度安排不仅缺乏民主，也与国王的特许状内容相违背，同时与当时的殖民地现实不符，因而遭到了部分移民的不满和反对。起初，温斯罗普等人设想在殖民地建立以基督之爱为纽带的“山巅之城”，但是，殖民地的恶劣生存环境迫使移民们不得不分散居住，形成由定居点为单位组成的村镇，且村镇的地理范围较大。这些村镇沿用英国地方自治的传统，对内部事务拥有广泛的自主权。当时殖民地实行的是中小土地所有制，许多移民尤其是自费移民在获得大片土地后便成为自由业主。随着村镇的发展及自由业主的增加，一些乡绅及自由业主便对自己的无权地位表示不满，并对殖民地政府的专权统治发起挑战。在他们看来，作为殖民地的土地所有者，他们当然应取得与公司股东一样的政治权利，他们理应成为自由人。从1631年起，殖民地的一些居民就拒绝纳税，并声称只有允许由人民选出的代表参与政治管理，才同意纳税。面对殖民地居民日益强烈的权利诉求，温思罗普等人一方面担心人口占多数的自由业主对当局的不满会造成殖民地社会的分裂和动**；另一方面为了扩大政府的社会基础，防止殖民地居民离走，因而同意接纳他们为自由人。但同时又作出了许多限制性规定，其中最主要的一条就是只有清教徒才能成为自由人并拥有选举权。先前自由人仅指股东，现转换为“有选举权的公民”，它包括清教教会的所有成员。[137]此种做法扩大了殖民统治的社会基础，并朝着实现由清教徒组成的基督王国的目标迈出了一步。清教徒的特殊地位吸引了大批清教徒涌入，随着其人数增多，特别因交通不便导致自由民难以直接出席全体大会，于是公司在1631年实施重大的政治改革，实行代议制：一个名为“普通法院”（General court）的大议会正式建立。大议会共有116名自由民代表组成，有权参与制定殖民地的法律和法规，即拥有殖民地的部分立法权。
1632年5月召开的股东大会通过一项决议，总督由股东大会选举产生的做法得到恢复，但总督必须在现任助理中产生；成立一个由各镇派代表参加的16人委员会，但不具有立法权，而仅有咨询权。1634年5月召开大议会，由24名各镇选出的代表与殖民地当局的8名官员组成，会议通过决议，宣布恢复国王特许状的内容，重申“只有大议会才有权制定立法、设立官吏、任命官吏、罢免官吏，以及规定代表及官吏之各自权限”； “只有大议会才有权征收税务、分配土地，给予和确认财产拥有权；决定按照先前的特许状规定，恢复大议会‘一年召开四次’的惯例，由总督召集，但只有得到代表同意之后才可被解散。”[138]为了显示大议会的绝对权威，此次会议不仅取消了助理会先前颁布的多项法令，而且票决罢免了温思罗普的总督职位，选举托马斯·达德利和罗杰·勒德洛（Roger Ludlowe）为殖民地的总督和副总督。此后，随着移民人数的增加和新市镇的建立，马萨诸塞的社会结构日趋复杂，大议会内总督、助理与市镇代表因所代表的各自利益不同而很难形成共识。1644年，为了避免代表和官吏没完没了的争吵，双方商定设立两院，形成了两院制的代议制机关，助理组成上议院，代表组成下议院，由总督、上院和下院共同组成殖民地政府。很显然，马萨诸塞这种带有明显制衡色彩的政治体制既是对英国宪政传统的模仿和对英国习惯法的接受，也顺应了殖民地现实发展的需要。此后，其他英属北美殖民地大都参照这种模式建立自己的政府和议会。按照布卢姆等人的说法：“由于公司有权统治殖民地，所以立法议会实际上既是殖民地的立法议会，又是最高法院。这里，事实上是一个自治的共和政体，一个清教徒的共和国。”[139]由此可见，殖民地及其制度一旦建立，就开始与母国若即若离。
清教徒来到新英格兰的唯一目的是争取宗教自由，并进行神圣实验。按他们自己的话说：“最虔诚的和最神圣的是满怀信心为之追求的福音。”[140]在清教徒看来，这个崭新的世界就是上帝指引他们前往拓殖的“新耶路撒冷”和“希望之乡”。因此，清教在马萨诸塞的政治以及居民的日常生活中占有主导地位。按照温斯罗普的构想，“山巅之城”里的居民由清一色的清教徒组成，他们既是教会的一员，又是社会的一员，但首先是教会的一员。因此，他们建立的是由清教徒统治的神权专制政体。所有的机构都是从属于教会的，各级官吏均由清教徒垄断。法律明确规定享有选举人与被选举人资格的人必须是教会成员，清教是官方宗教，不论是不是教徒，必须接受清教徒的教义，必须在清教教堂作礼拜，人人必须读圣经，每个村镇都有自己的教堂，教堂成了新英格兰人生活的中心。牧师不仅拥有很高的社会地位，而且作为行政官的“顾问”在殖民地的政治生活中发挥重要作用。为了保证清教的纯洁性，殖民地实行封闭管理，严格禁止其他宗教传播教义，甚至不允许异端在其辖区内居住。1637年5月，马萨诸塞议会通过的法令明确规定未经立法机关同意，新移民不得在马萨诸塞永久定居。对于那些胆敢进入新英格兰的持不同意见、不同教派的人，殖民当局均采取严厉措施予以迫害或驱逐。1649年，马萨诸塞殖民地法律明确规定，凡信奉异端诸如否认灵魂不灭、身体复活等，均应予驱逐出境。清教徒宣称只有以清教为中心并附有严格的规定，才能使人人相信圣经，才能在新世界建立起圣洁之城，而清教之外的宗教都是“魔鬼的代理人”。人人须纳税以支持教会，救赎是上帝给予选民的恩赐。温思罗普在解释为什么必须遵守清教徒的生活方式时这样说：我们着手的工作“是通过相互同意……来寻觅一块共处和相互依存的地方，并置于正当的民事和教会的管理形式之下”，只有这样，才能严格执行上帝的旨意，履行与上帝缔结的契约，完成上帝所托付的宗教使命，最终建立一个理想社会。[141]由于这里是清教徒自愿组成的社会，因而将危险人物或具有危险思想的人排除出殖民地是理所当然的。“如果我们根据令人悲哀的经验，设想并发现他的观点不能见容于和平，恰如他的自白表明的那样，我们为何不可拒其党羽于门外，免其势力增强，免其危险思想蛊惑他人，以此维持我们的和平？”[142]为了保证清教徒的一统，清教公理会认为牧师具有三重权威：牧师是上帝让有原罪的人皈依的中介，牧师有吸收教徒的权力，牧师教导教徒按上帝对“选民”的要求生活。在神权统治下，清教徒不仅垄断殖民地的全部政治权力，而且在许多方面实施独裁统治。温斯罗普就曾公开宣称：“我们担任公职是由你们人民选出，一旦选出，我们的权威便来自上帝。”那时的人民“就只能遵守法律而无权制定或改变法律”。[143]实际上，温思罗普等人构建的是一个政教合一的社会，政治与宗教紧密结合，相辅相成。对此，戴维·柴德斯特（David Chidester）有过精彩的评论：“在清教徒的神权体系中，教会与国家是一种秩序的两个方面。永恒的宗教秩序由教会来保持，而现世的宗教秩序则由国家来维护。上帝的神谕在教会被传布，在大议会被执行。宗教说服与政治高压在神权体系中并行不悖。”[144]
毫无疑问，马萨诸塞殖民地当局的神权专制统治虽然在殖民初期维系了殖民地社会的稳定与发展，但是这种违背英国自由传统甚至与清教徒远走美洲的初衷背道而驰的做法必然会面临危机与挑战。这种挑战不仅来自于世俗利益的**和印第安人的反抗，更来自于清教徒内部的不同声音。正是这些声音动摇了马萨诸塞清教统治的根基，而且导致部分清教徒出走并建立新的殖民地。
最先对温思罗普的思想提出大胆挑战的是1631年来到美洲的独立派年轻教士罗杰·威廉斯（Roger Williams）。作为信仰自由论者，威廉斯主张民众有信仰的自由，反对强迫崇拜，并谴责对异教徒进行迫害。他认为“为了良心的缘故而进行迫害的教义，同和平的王子耶稣基督的教义，是最明显和最可悲地背道而驰的”。[145]他提出马萨诸塞殖民地在宗教上对英国国教会过分顺从，完全违背了清教徒为了宗教信仰而移居北美的初衷。他主张清教徒应同英国国教会彻底分离和断绝关系，并质疑新英格兰的清教徒是否真的出于虔诚建立新英格兰教会。他还主张政教分离，认为政府官员应专注于民政事务而不应干涉宗教事务。他还公然挑战英国国王的权威，强烈批评马萨诸塞的皇家特许状，认为一切权力来源于人民，民意才是建立国家的基础。[146]威廉斯的不同主张直指温思罗普等人的清教统治的要害，极富颠覆性，并赢得了不少人的拥护，这当然为温斯罗普等人所不容，因为威廉斯的主张严重威胁到殖民地政府的权威并有可能导致殖民地的分裂。于是，教会和政府均要求他放弃观点，但遭拒绝，政府决定逮捕他。1635年冬天，为躲避迫害，威廉斯逃离马萨诸塞，在印第安人的帮助下于1636年春在罗得岛（Rhode Island）的纳拉甘西特湾（Narragansett Bag）建立了普罗维登斯（Providence）定居点。1640年，威廉斯指导殖民地居民制定立法，规定政府的权力来自全体居民，随后成立了由居民选出的议会和相关行政人员，具体负责殖民地的立法及行政工作，并宣布容忍和欢迎持不同宗教信仰的人。在这里，所有的人都可以自由选择他愿意参加的教会，教堂活动也完全根据自己的意愿。
就在威廉斯被逐出马萨诸塞殖民地不久，另一位于1634年来到马萨诸塞的女信徒安妮·哈钦森（Anne Hutchison）也对马萨诸塞的神权统治和单一秩序提出挑战。哈钦森坚决反对宗教上的“选民”与“弃民”之分，认为“预定论”毫无事实依据；信徒可以同上帝直接交流，个人不必通过熟读《圣经》或牧师撰写的经典而获得拯救；上帝的圣徒可以知道自己的身份，可以感觉自己的灵魂得救，圣灵存在于每个人的心中。哈钦森还声称教会中的大多数成员包括掌权者和教士并未得到拯救，她还主张在宗教与世俗事务中女性与男性一样拥有参与权。哈钦森的思想和言论在殖民地引起轩然大波，她不仅团结了一大批异教徒和支持者，而且得到多名大议会成员和新总督哈里·文（Henry Vane）的支持。但是哈钦森的唯信仰论毕竟动摇了牧师被赋予的精神权威，严重威胁到殖民地的教会体制和政治统治，自然引起殖民地当局的关注和强烈不满。1637年，约翰·温思罗普重获总督职位后，立即对哈钦森进行审判，最终以否认殖民地教士在宗教上的权威和不守妇道为由，将哈钦森逐出教会和驱逐出境。[147] 1638年，哈钦森及其追随者来到罗得岛，他们从印第安人那里购买了一块土地，建立了朴茨茅斯（Portsmouth）定居点。一年后，另一些人在朴茨茅斯南边建立了纽波特（Newport）。1644年，威廉斯从英国议会获得了特许状，将普罗维登斯、朴茨茅斯和纽波特联合成“罗得岛和普罗维登斯拓殖地”（Rhode Island and Providence Plantation），即罗得岛殖民地。[148]特许状还特别强调了宗教信仰问题，指出：“在这块殖民地上，任何人不能因宗教上的意见分歧而受到任何方式的骚扰、惩罚、遭致不安或怀疑，不得在实际上侵扰这块殖民地公民的和平。”[149]1647年，该殖民地举行的代表大会制定宪法，规定由议会和行政机构组成殖民地政府。罗得岛的政府形式比较民主，由选举产生的参事会和总督负责行政管理，居民有普选权、表决权和罢免权，宗教信仰有充分自由，教会与政治严格分离。1650年，由土地所有者选出的总督助理及代表组成大议会，自行制定法律。
由于宗教的专断以及人口的不断增加，马萨诸塞的一些移民开始向新英格兰的其它地区拓展，其中许多人涌向肥沃的康涅狄格（Connecticut）河谷地区。起先，荷兰人曾宣称对该地拥有主权，但是普利茅斯的英国皮货商却先于荷兰人闯入康涅狄格河谷。1634年，马萨诸塞的商人也来到这里抢购毛皮。随着康涅狄格为外人所知，马萨诸塞向此迁移的人越来越多，他们在温莎（Windsor）及韦瑟斯菲尔德（Wethersfield）等地定居。1636年，来自纽顿（New Town，即后来的Cambridge）的一个独立团体来到康涅狄格河谷，并在哈特福德（Hartford）开辟定居点。这批迁移者大多是政治和宗教上的不满者，其领袖人物是托马斯·胡克牧师（Thomas Hooker）。胡克虽然在宗教上是一名正统清教徒，但其政治思想却具有强烈的民主色彩。他主张人人享有宗教和世俗世界的平等，建立教会或政府必须经由居民同意，宣称只有人民拥有选举权，所选出的官员“其权力是有限度和范围的”。[150]因为不满于当时马萨诸塞日益强化的严格的入教批准手续及清教领袖们大权独揽，胡克决定与支持者一道前往康涅狄格，组建新的共同体。1637和1638年康涅狄格召开了由总督、助理和代表参加的议会；1639年胡克联合先前建立的温莎和韦瑟斯菲尔德镇共同制定了《康涅狄格基本法》（Fundamental Orders of Connecticut）。该基本法宣称，康涅狄格殖民地的目的是维护“耶稣福音的纯洁”“我们的自由”和“教会的法律”，但并没有将教会成员资格作为行使选举权的必要条件；殖民地的所有官员和总督均由殖民者代表大会选举产生，而代表大会由“得到承认并宣誓效忠的全体自由人”组成；自由人每年举行一次大会，总督、行政官员与每个市镇选派的4名代表共同组成大议会，大议会拥有包括征税、接纳自由人、分配新土地及惩罚不规行为等一切立法权；总督不能否决大议会制定的法律，总督及行政官员不得干涉大议会的运作。[151]根据此法，康涅狄格成为完全的自治殖民地，大议会拥有相当大的权力。
此外，在新英格兰建立的殖民地新罕布什尔（New Hampshire）和缅因（Maine）也与马萨诸塞有关联。新罕布什尔位于马萨诸塞北面，1623年英国人开始向此殖民，后成为梅森（Mason）家族的属地。1635年，罗伯特·梅森在此建立了一个拓殖地。1641年起，该殖民地受马萨诸塞的保护和控制，1679年成为王室殖民地。缅因也始建于1623年，1639年由几个村庄联合组成拓殖地，但长期受马萨诸塞的控制，1691年并入马萨诸塞。
新英格兰较后建立的也是最先消失的殖民地是纽黑文（New Haven）。[152]1638年，清教牧师约翰·达文波特（John Davenport）带领一批伦敦人到达北美长岛（Long Island）并建立纽黑文。1643年，纽黑文与英国人在此建立的其它四个市镇联合形成纽黑文殖民地。纽黑文是一个教会统治的村镇，其制度基本模仿马萨诸塞。纽黑文的基本法宣称，它将以圣经作为组建政府的指南，根据上帝的意旨选出代表组成议会，再由议会选出执法官员；议员必须是教会成员，议会必须力图保持宗教的纯洁性，防止邪教在殖民地传播和发展。[153]但纽黑文一直没有获得特许状，1662年它并入康涅狄格。
从1620年“五月花号”抵达北美到英国内战爆发前夕，英国人经过艰苦的努力，在北美新英格兰地区相继建立了普利茅斯、马萨诸塞、罗得岛、康涅狄格、新罕布什尔、缅因和纽黑文等殖民地。这些殖民地以马萨诸塞为中心，被冠之以“清教殖民地”之名，原因在于这些殖民地大多是由清教领袖创建的，移民也主要是清教徒。清教徒离开故土前往新英格兰，目的是寻找能够实现宗教理想的新家园，并建立模范的基督教社会，因此，清教主义成为新英格兰殖民地得以建立的主要精神动力，这赋予了新英格兰殖民地浓烈的清教色彩。清教思想对殖民地的政治制度和统治模式形成直接影响，清教活动也成为殖民地日常生活的重要内容，形成了所谓的“新英格兰方式”和新英格兰文化。宗教文化的同质性、共同的生存环境、地理上的靠近以及贸易、捕鱼和航海等经济活动，很容易使新英格兰各殖民地之间建立密切的联系。
1643年，马萨诸塞、普利茅斯、康涅狄格及纽黑文等殖民地订立了相关条款，建立了所谓的“新英格兰联盟” （New England Confederation，或称“新英格兰联合殖民地”），其目的是“为了保护并传播福音真理，以及自身的安全和公共福利”。[154]为了处理联合殖民地的相关事务，还专门由各殖民地选出特派专员。1645年，“新英格兰联合殖民地”与当地的土著人（拿拉根赛人和南提克人）签署和平协议，避免了一场战争。当然，新英格兰殖民地的这种联合十分松散，各殖民地拥有独立的管辖权。它们虽然都对英国政府表示效忠，但又都自行制定法律及各项制度。同时，清教主义也推动了新英格兰殖民地经济的发展，因为清教徒“并不认为贫穷就是美德。他们航行三千英里来到这里，并不只是为了想以比在英国更为圣洁的方式来过那忍饥挨饿的生活，而是为了要建立一个能博得上帝欢心的社会，不仅要在宗教方面，而且要在经济方面，都获得成功”。[155]清教徒这种将信仰上帝和俗世发展联为一体的观念，最终构成了新英格兰经济发展和繁荣的动力，正如弗格森所指出的：“清教主义加上利益的驱动，正是这些因素的综合作用使得新英格兰逐渐繁荣起来。”[156]但是，与其他殖民地有别的是，新英格兰在经济上很少出产英国本国所需的物质，新英格兰特殊的地理条件使它不适宜大规模的农业生产，但当时的新英格兰还是以农业为主，以小手工业为辅，盛行自给自足的小农经济，它发展了多样性的农作物生产和家畜饲养业，形成了该地区的农业特色，玉米、小麦、黑麦、大麦和裸麦是其主要的农作物。[157]除若干珍贵动物毛皮之外，新英格兰没有什么商品可以输往母国，相反它所盛产的鱼类则销售到南欧国家，一般食品输出到西印度群岛。为了促进捕鱼业和商业的发展，新英格兰又利用丰富的林木资源发展造船业及航运业，从而便利了殖民地与英国和欧洲的贸易往来，也加强了南北殖民地之间的经济关系。到17世纪中期，新英格兰的不少商船在加勒比海和地中海一带航行，出售各种商品，运送别国人的货物，获取可观的利润，波士顿成为当时美洲最大的港口之一。正如一位作家所说，新英格兰人“不断注意着任何能够产生利润的哪怕最细小的商品，从而为他们自己赢得了美洲荷兰人的称号”[158]。新英格兰的经济特征使其对母国的经济几乎没有什么帮助，反而给母国的商业以很大打击，这个事实决定了新英格兰殖民地日后与英国之间的关系。
当然，由于清教只是一种思想而非单纯的宗教派别，新英格兰的清教徒从未组成统一而强大的教会，相反清教徒本身也因宗教主张不同而形成许多派别，加上北美相对宽松的政治环境以及大量非清教移民的不断进入，新英格兰地区各殖民地无论在政治管理制度还是在宗教生活方式上都存在差别，随着时间的推移和移民人口的增加，这些差别越发明显。