方腊被困在帮源洞里边，如坐针毡，也是无计可施。这一天，驸马柴进上前说道：“我蒙主上深恩，一直没有报效，愿意带一支一只军马，出去杀退宋军。”方腊一看是驸马柯引，于是大喜，当即把自己的金甲锦袍，赐给柴进，又选了一匹好马，叫他出战。柴进就和皇侄方杰，带兵出到洞口，列成阵势。方腊也带着自己的亲兵，登到洞的山顶，看柴进迎敌。
宋江带领诸将，急忙也到洞前列阵，一看对面是柴进，身后跟着燕青，心说：“派柴进诈降的计策，这回就要成功了。”不禁大喜。
这时，柴进立马在门旗下，正要出马，皇侄方杰说：“驸马先等一下，看我先斩一名宋将，然后你再出马。”
于是方杰抢先出马，对面关胜舞青龙刀来迎。双方一往一来，一翻一复，到了不到十个回合，宋江又派花荣出阵。方杰以一敌二，全然不怕。又打了几个回合，还是不分胜负。宋江又派李应、朱仝出马。方杰见对面四员将官来夹攻，这才拨转马头，跑回本阵。刚刚到了阵前，柴进挺起手中的铁枪，直取方杰。方杰见势不好，措手不及，被柴进一枪刺倒。后面燕青冲上来，一刀杀了方杰。
方腊的兵将大惊，柴进大叫：“我不是柯引，我是柴进，宋江部下的小旋风柴进。有活捉方腊的，封给高官。”转身带领关胜等四将，带着军兵，杀进洞中。方腊在山顶一看，见自己的军兵惊慌散逃，就急忙站起身来，往深山中逃去。
宋江挥领大队军马，杀入洞来，跟方腊的兵将血战，杀得尸横遍野杀的尸横遍野，流血成渠。按《宋鉴》记载，斩杀方腊蛮兵二万余人。当下宋江传令，教四下放火，烧毁洞中的龙楼凤阁，抄出方腊藏的金银财宝。
阮小七一直杀到洞的深宫里，搜出一个箱子，打开一看，是方腊伪造的平天冠、衮龙袍，上面都是龙凤锦文，心说：“这是方腊穿的，我穿一下也不打紧。”于是就把衮龙袍穿在自己身上，戴着平天冠，走了出来。众将看了，一起大笑。正在闹着，童贯手下的部将王禀、赵谭也在洞中助战，见是阮小七穿了皇帝的衣冠，在那里嬉笑，当即骂说：“你这厮不要学方腊，穿成这样。”阮小七大怒，说：“你两个算什么鸟，要不是我们，你俩的驴头，早被方腊砍下了。现在倒来欺负我。”王禀、赵谭大怒，就要和阮小七对打，被众将劝开。
宋江得报，赶紧跑来，见阮小七穿着皇帝衣服，立刻喝令他脱下，扔在一边。随后安慰王禀、赵谭，二人嘴上不多，心中暗暗记仇。
宋江带兵撤出帮源洞，清点俘虏，发现唯独少了方腊。于是派出军兵，在山上搜寻。
却说方腊从帮源洞的山顶落荒逃走，穿山越岭，连走了五个山头，看见山谷中有一处草庵，于是方腊走了进去，想要东西吃。就见庵内走出一个胖大和尚，盘问方腊。方腊遮掩不住，报出自己姓名。鲁智深上前，把方腊按翻在地，捆了起来。
随后鲁智深问清宋江在哪里，就押着方腊，来见宋江。宋江大喜，问鲁智深这一阵都去了哪里，鲁智深说：“我自从在乌龙岭厮杀，追赶夏侯成，进了深山，走迷了路，就投在一个茅庵中，不想遇到了方腊。”宋江说：“这次你立了大功，回去奏明皇上，重重封你。”
鲁智深说：“洒家心已经成了灰，不愿意当官，只想找个清静清净的地方安身立命，就足够了。”宋江说：“那就去京城找一个名山大刹，去当主持。”鲁智深摇头说：“都不要，这也没有什么用。只求有个整的尸首，就很好了。要多也无用。只得个囫囵尸首，便是强了。”宋江听了，也就默然。
随后，宋江班师回去，回到睦州，和童贯、张招讨的军队会合汇合，大摆宴席，犒赏三军。这时候传来消息，得病留在杭州的张横、穆弘等六人，还有看护他们的朱富、穆春，都得病死了，只剩下杨林、穆春。于是又在睦州宫观扬起长幡，超度死去的诸将。
宋江一看剩下的头领，只有三十六人，分别是：
呼保义宋江、玉麒麟卢俊义、智多星吴用、大刀关胜、豹子头林冲、双鞭呼延灼、小李广花荣、小旋风柴进、扑天雕李应、美髯公朱仝、花和尚鲁智深、行者武松、神行太保戴宗、黑旋风李逵、病关索杨雄、混江龙李俊、活阎罗阮小七、浪子燕青、神机军师朱武、镇三山黄信、病尉迟孙立、混世魔王樊瑞、轰天雷凌振、铁面孔目裴宣、神算子蒋敬、鬼脸儿杜兴、铁扇子宋清、独角龙邹润、一枝花蔡庆、锦豹子杨林、小遮拦穆春、出洞蛟童威、翻江蜃童猛、鼓上蚤时迁、小尉迟孙新、母大虫顾大嫂。
随即宋江军队回行到了杭州，在城外六和寺屯扎。当夜，鲁智深和武松正在寺中一房里睡着，就听外面钱塘江潮水声音激**，好似千军万马。鲁智深听了，心中忽然大悟，拍掌笑说：“我师父智真长老，给我四句偈言，说是‘逢夏而擒’，我在乌龙岭活捉了夏侯成；‘遇腊而执’，我遇到方腊，捉了他。都应验了。还说：‘听潮而圆，见信而寂？’我想，既然遇到了潮信，合该圆寂。”于是问旁边的僧人：“什么叫圆寂？”僧人说：“你是出家人，还不晓得？圆寂就是死。”鲁智深笑说：“既然死就叫圆寂，洒家今天就要圆寂。”于是要来纸笔，写下一首诗。然后坐在法堂的禅椅上，焚起一炉好香，叠起两只脚，左脚搭在右脚。等宋江等人听说赶来，见鲁智深已经坐在禅椅上不动了。一看他留下的诗，是：“平生不修善果，只爱杀人放火。忽地顿开金枷，这里扯断玉锁。咦！钱塘江上潮信来，今日方知我是我。”
宋江与卢俊义看了，嗟叹不已。于是叫寺中的众僧人，做了三昼夜的法事，在六和塔后面烧化了鲁智深，葬入塔院。
武松随即就来对宋江说：“小弟今已残疾，不想回京朝圣了，就把我存在金银赏赐，叫到六和寺中，我做个清闲道人，就十分好了。”宋江见他这么说，于是道：“既然如此，那你就听自己的心中想法吧。”于是武松留在六和寺出家，后来到八十岁时善终。
宋江大军待在杭州，几天之后，突然林冲得了风瘫，杨雄后背张疮病死，时迁得了搅肠沙而死。丹徒那边有传来消息，在那里养病的杨志也病死了。宋江无奈，因为林冲得病，就把他留在六合寺，陪伴武松。
随后宋江带兵往京城走去。浪子燕青私下跑去见主人卢俊义，说：“如今大事已完成，主人应该辞官回去，找个清静清净的地方，以终天年。”卢俊义说：“我们立了这么多功，正要衣锦还乡，你怎么要我跑掉？”燕青笑说：“想当初，韩信立下十大功劳，却落得在未央宫中斩首。”卢俊义说：“我到不了韩信那么大的官，也不至于落到他的处境。”燕青说：“主人不听我的，就怕悔之晚矣。那我就向主人告辞走掉了。”卢俊义说：“你要去哪里？”燕青说：“也就在你附近，不会太远。”卢俊义笑说：“那就随你。”于是燕青当夜收拾了一包金珠宝贝，自己走掉了。
随后军队走到苏州城外，混江龙李俊就假装得了中风病中风疾，于是只好留下他养病，又叫童威、童猛都留下照顾他。等宋江军队一走，李俊、童威、童猛三人，就从太仓港乘船出海，去了海外的国家，后来做了暹罗国王。
宋江大军随后回到京城，把军队扎在城外，宋江和大小头领，共计二十七人，上朝去朝见宋徽宗。施礼完毕，宋徽宗一看，只剩下了这些人，心中嗟叹。宋江于是再拜，呈上表章，上面写了一百零八位头领的情况，见是：
阵亡正偏将佐五十九员：
正将一十四员：
秦明、徐宁、董平、张清、刘唐、史进、索超、张顺、雷横、石秀、解珍、解宝、阮小二、阮小五
偏将四十五员：
宋万、焦挺、陶宗旺、韩滔、彭玘、曹正、宣赞、孔亮、郑天寿、施恩、邓飞、周通、龚旺、鲍旭、段景住、侯健、孟康、王英、项充、李衮、单廷圭、吕方、燕顺、马麟、郭盛、欧鹏、郁保四、陈达、杨春、李忠、薛永、李云、丁得孙、石勇、杜迁、邹渊、李立、汤隆、王定六、蔡福、张青、郝思文、扈三娘、魏定国、孙二娘
于路病故正偏将佐一十员：
正将五员：林冲、杨志、张横、穆弘、杨雄
偏将五员：孔明、朱贵、朱富、白胜、时迁
杭州六和寺坐化正将一员：鲁智深
折臂不愿恩赐，六和寺出家正将一员：武松
旧在京，回蓟州出家正将一员：公孙胜
不愿恩赐，于路辞去正偏将四员：
正将二员：燕青、李俊
偏将二员：童威、童猛
留在京师，在京偏将五员：安道全、皇甫端、金大坚、萧让、乐和
现在朝见的将佐二十七员：
正将一十二员：
宋江、卢俊义、吴用、关胜、花荣、柴进、李应、呼延灼、朱仝、戴宗、李逵、阮小七
偏将一十五员：
朱武、黄信、孙立、樊瑞、凌振、裴宣、蒋敬、杜兴、宋清、邹润、蔡庆、杨林、穆春、孙新、顾大嫂
宋徽宗看完，嗟叹不已，于是说：“卿等一百零八人，如今只有二十七人还在，又辞别走掉四个，真是十去其八。”随即下旨，对于死去和离开的，授予名爵：正将封忠武郎，偏将封义节郎。有子孙的，就叫子孙承袭官爵，没子孙的，当地立庙享祭。鲁智深擒方腊有功，封义烈昭暨禅师。武松有功，伤残折臂，在六和寺出家，封清忠祖师，赐钱十万贯。女将二人，扈三娘封花阳郡夫人，孙二娘封旌德郡君。
现在朝拜的，正将十人，都授予授与武节将军，诸州统制，偏将十五人，各授武奕郎，诸路都统领。女将顾大嫂，封授东源县君。
先锋使宋江，加授武德大夫、楚州安抚使、兼兵马都总管。
副先锋卢俊义，加授武功大夫、庐州安抚使、兼兵马副总管。
军师吴用，授武胜军承宣使。
关胜授大名府正兵马总管。
呼延灼授御营兵马指挥使。
花荣授应天府兵马都统制。
柴进授横海军沧州都统制。
李应授中山府郓州都统制。
朱仝授保定府都统制。
戴宗授兖州府都统制。
李逵授镇江润州都统制。
阮小七授盖天军都统制。
偏将十五人，各赐金银三百两，彩段五表里。正将十人，各赐金银五百两，彩缎八表里彩段八表里。宋江、卢俊义，各赐金银一千两，锦段十表里，御花袍一套，名马一匹。
宋江等人谢恩之后，宋徽宗命赐宴。宴罢，宋江又说：“臣的军兵，有愿意回家的，乞给优恤。”宋徽宗准奏，命愿意留下当兵的，赐给钱帛，愿意回去的，加倍给钱帛。宋江又请求回郓城探亲，宋徽宗应允。
随即，众人拜谢下朝。
随后，宋江和众人暂时告别，带着兄弟宋清，一二百军兵，回山东探亲。俩人衣锦还乡，回归故里。父老亲戚，都来迎接。到家之后，发现宋太公已死，二人吊祭。宋清虽然也授予了官爵，但留下务农。
几个月后，宋江回奔到了京城。不知后事如何，且听下回分解。